Theo đó, mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được quy định theo mục đích khai thác nước, cụ thể: Khai thác nước dùng cho sản xuất thủy điện là 01%; Khai thác nước dùng cho kinh doanh dịch vụ là 02%; Khai thác nước dùng cho sản xuất phi nông nghiệp (trừ nước làm mát máy, thiết bị, tạo hơi) là 1,5%; Khai thác nước dưới đất dùng cho tưới cà phê, cao su, điều, chè, hồ tiêu và cây công nghiệp dài ngày khác, khai thác nước mặt, nước dưới đất để làm mát máy, thiết bị, tạo hơi là 0,2%; Khai thác nước dưới đất dùng cho nuôi trồng thủy sản, chăn nuôi gia súc là 0,1%.

Căn cứ tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước gồm: Mục đích sử dụng nước; Chất lượng nguồn nước; Loại nguồn nước khai thác; Điều kiện khai thác; Quy mô khai thác; Thời gian khai thác.

Nghị định cũng chỉ rõ, tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được nộp hàng năm theo số tiền được ghi trong quyết định phê duyệt cấp quyền khai thác tài nguyên nước. Căn cứ khả năng của mình, chủ giấy phép lựa chọn phương thức nộp tiền theo tháng, quý hoặc theo năm tại Kho bạc Nhà nước địa phương nơi có công trình khai thác tài nguyên nước.